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    消滅 PCR 非特異性擴增的方法

    發(fā)布時間: 2023-06-28  點擊次數(shù): 1651次
    非特異性擴增,即進行 PCR 所擴增出來的條帶不是所要的,引物與模板在非目的條帶處有錯配,導致延伸產(chǎn)物不是目的條帶。例如引物二聚體,即引物在退火過程中產(chǎn)生了 hairpin 結(jié)構(gòu)或其他二級結(jié)構(gòu),或者引物在模板的某些位置非特異性地結(jié)合,也同樣會產(chǎn)生非特異性擴增。PCR 產(chǎn)物都是通過引物延伸產(chǎn)生的。當引物產(chǎn)生了二聚體或者非特異性擴增產(chǎn)物之后,引物本身就無法再延伸形成 PCR 產(chǎn)物了,這樣的情況下,非特異性擴增產(chǎn)物越是多,那目的產(chǎn)物就越是少。如果在 qPCR 過程中,就會在熔解曲線中形成雙峰。

    消滅 PCR 非特異性擴增的方法:
    1、引物設(shè)計的過程中要用 Primer premier 5.0 來驗證一下二聚體;
     
    2、 引物合成后,先做一次梯度 PCR,檢測最合適的退火溫度,一般高退火溫度可以提高引 物對模板的特異性從而降低引物二聚體;
     
    3、 降低 Mg2+濃度,鎂離子濃度高,會導致大量的非特異性擴增,但是沒有鎂離子的話,也會導致 Taq 酶的失活;
     
    4、降低 dNTP 濃度,dNTP 也是非特異性擴增的一個罪魁禍首,降低它的濃度,也能有效降低二聚體及其他非特異性擴增;
     
    5、降低引物濃度,一般的 PCR 引物都是過量的,降低了引物濃度自然也能降低引物之間形成二級結(jié)構(gòu)的可能性;
     
    6、提高退火溫度,這個道理很簡單,引物的退火溫度提高,引物間的二級結(jié)構(gòu)形成可能性就會降低;
     
    7、延長退火時間,這個也可以減弱引物間結(jié)合的可能性;
     
    8、DMSO 及甜菜堿,這些 PCR 促進劑,主要是用于 CG 含量高的模板上,降低 DNA 的二級結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生,但根據(jù)經(jīng)驗,加入 DMSO 之后需要同時提高一點退火溫度來補平(qPCR 不太適用);
     
    9、熱啟動法,通過 95℃的高溫熱啟動,高溫解鏈,使得引物間的二級結(jié)構(gòu)破壞,以此降低二聚體產(chǎn)生。


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