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    如何提高DNA濃度/純度測(cè)定的準(zhǔn)確性?

    發(fā)布時(shí)間: 2024-04-23  點(diǎn)擊次數(shù): 873次

    分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中經(jīng)常需要對(duì)樣品進(jìn)行濃度和純度的測(cè)定,它相當(dāng)于一種質(zhì)控,以此來(lái)確保下游實(shí)驗(yàn)的結(jié)果可靠。


    常用的DNA濃度/純度測(cè)定設(shè)備是紫外分光光度計(jì),它的原理是利用物質(zhì)分子對(duì)紫外可見光譜區(qū)的輻射吸收來(lái)進(jìn)行分析物質(zhì)成分。


    這樣來(lái)描述可能有點(diǎn)生硬,我們舉個(gè)栗子:


    假設(shè)現(xiàn)在有一樣物質(zhì)A,它溶解在溶液內(nèi),當(dāng)光照射溶液時(shí),溶液內(nèi)的A會(huì)吸收一部分的光。不同顏色的光有不同的波長(zhǎng),A對(duì)不同顏色的光(不同波長(zhǎng))的吸收程度是不一樣的。


    雙鏈的DNA,它能對(duì)波長(zhǎng)為260nm的光進(jìn)行強(qiáng)烈的吸收,吸收的程度可以用一個(gè)叫吸光度的數(shù)值來(lái)測(cè)量,濃度越高的DNA,理論上吸光度也越高。


    最后,通過(guò)與標(biāo)準(zhǔn)品的吸光度數(shù)值對(duì)比后,就可以知道未知濃度的DNA有多少量了。


    如何提高DNA濃度/純度測(cè)定的準(zhǔn)確性?


    DNA濃度測(cè)定通常會(huì)使用紫外分光光度計(jì),常見的有NanoDrop這類設(shè)備。除了DNA,它還能測(cè)定RNA和蛋白的吸光度。

    要提高濃度測(cè)定的準(zhǔn)確性,需要注意以下幾點(diǎn):

    • 檢測(cè)之前,務(wù)必充分混勻DNA溶液,因?yàn)檫@類機(jī)器的上樣檢測(cè)體積只需要1-2uL,如果樣品沒(méi)有混勻,那么每次檢測(cè)樣品濃度也會(huì)不一樣。

    • 因?yàn)樯蠘芋w積很小,所以樣品很容易揮發(fā),如果把樣品加在檢測(cè)基座后不馬上檢測(cè)的話,會(huì)導(dǎo)致測(cè)出來(lái)的樣品濃度偏高。

    • 實(shí)驗(yàn)環(huán)境和耗材的穩(wěn)定性要高。檢測(cè)設(shè)備應(yīng)該在放置在溫度可控、通風(fēng)的環(huán)境下;裝樣品的管子如果不是要進(jìn)行吸取樣品操作的話,需要時(shí)刻緊閉。

    • 每次檢測(cè)完畢,都需要對(duì)檢測(cè)基座或者比色皿進(jìn)行清洗和擦拭,確保不會(huì)有樣品殘留后,再進(jìn)行下一次上樣檢測(cè)。

    • 空白調(diào)零,應(yīng)該使用溶解待檢測(cè)樣品的溶液來(lái)調(diào)零。例如如果用水溶解DNA,那就用水調(diào)零,用其他緩沖液溶解,則用對(duì)應(yīng)的緩沖液調(diào)零。

    在測(cè)定后,我們通常會(huì)看到,設(shè)備會(huì)提供幾個(gè)不同的結(jié)果給我們,有的是數(shù)值,例如OD230、OD260,有的是比值,例如OD260:280,那這些結(jié)果代表什么呢?

    OD是optical density(光密度)的縮寫,表示被檢測(cè)物吸收的光密度。

    OD=lg(1/trans),其中trans為被測(cè)物質(zhì)的透光值。

    不同的OD以及OD比值,代表不同的意義:

    如何提高DNA濃度/純度測(cè)定的準(zhǔn)確性?


    【OD230】

    提取核酸時(shí)會(huì)用到各種化合物,它們以鹽離子的形式存在,例如胍鹽、苯氧基離子、硫氰酸酯。

    這些鹽離子對(duì)230nm波長(zhǎng)的紫外光有強(qiáng)烈的吸收值。如果測(cè)定核酸時(shí),發(fā)現(xiàn)OD230數(shù)值很高,代表溶液中的鹽離子濃度很高。

    【OD260】

    雙鏈DNA在這個(gè)波長(zhǎng)下會(huì)對(duì)光有強(qiáng)烈的吸收。

    【OD280】

    芳香族氨基酸在這個(gè)波長(zhǎng)下,有強(qiáng)烈的光吸收。如果該數(shù)值很高,代表DNA溶液中可能存在蛋白質(zhì)的污染.

    【OD320】

    通常是由光散射造成的。如果該數(shù)值很高,意味著溶液內(nèi)有顆粒物污染、待檢器皿例如比色皿有污漬。

    【OD260:OD280】

    通常用于判斷DNA或RNA溶液的純度。常用的指標(biāo)是:在OD230數(shù)值較低,OD320數(shù)值較低的前提下。較高純度的DNA,比值應(yīng)該為1.7~1.9之間,較高純度的RNA,比值應(yīng)該為1.9~2.0之間。

    當(dāng)然,以上測(cè)定的結(jié)果并非是絕對(duì)計(jì)數(shù)的數(shù)值,它是一個(gè)參考數(shù)值,因?yàn)槲覀冊(cè)跍y(cè)定時(shí)是不涉及用到標(biāo)準(zhǔn)品這樣?xùn)|西,所以,也就是我們測(cè)出來(lái)的數(shù)可以作為一定程度的參考。

    而且,當(dāng)一些外界因素影響時(shí),測(cè)定也會(huì)出現(xiàn)偏差,例如樣本含量非常非常低時(shí),測(cè)定的數(shù)值誤差就會(huì)很高并不具參考意義,設(shè)備耗材出現(xiàn)問(wèn)題時(shí),測(cè)定的數(shù)值也會(huì)不準(zhǔn)。

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